Myśl zorganizowania naukowego towarzystwa urologicznego powstała przed II Wojną Światową. Była ona podyktowana szybkim rozwojem urologii. Zamierzenia te przerwał wybuch wojny.

Po wyzwoleniu dr Wacław Lilpop podjął przerwane prace nad stworzeniem samodzielnego towarzystwa urologicznego. 27 kwietnia odbyło się w Warszawie zebranie organizacyjne PTU.

Praca nad postępem urologii, reprezentowanie interesów lekarzy urologów, członków PTU, szerzenie zdobyczy nauki i techniki wśród lekarzy urologów, współpraca z przedstawicielami innych dyscyplin nauki, współdziałanie w organizowaniu opieki urologicznej dla chorych, nauczanie i organizacja nauczania przed i podyplomowego w dziedzinie urologii, integracja środowiska, pielęgnacja tradycji.

W 2009 roku Towarzystwo zrzeszało 1451 członków.